實驗室污水處理設備的自動控制系統采用了西門子PLC控制系統，實現對就地設備、儀表的操作和數據采集功能。西門子CPU和觸摸屏均具備以太網接口，可以通過配置的工業交換機，實現與PLC無線遠程通訊模塊、環保數采儀的以太網連接。

高濃度有機廢水主要來自對天然植物、動物的沖洗、粉碎、提取有效成分等工序，還有部分來自于失效的有機試劑，具有有機物濃度高，SS高，pH值低，水質變化大等特點。對于高濃度有機廢水的處理，有焚燒法、溶劑萃取法、氧化分解法、水解法以及生物化學處理法等。有機溶劑如醇類、酯類、有機酸、酮及醚等應盡量回收，循環使用。對含水的低濃度廢液，可以用與水不相混合的揮發性的溶劑進行萃取，分離后再焚燒。對形成乳濁液之類的廢液不能用此法處理，要用焚燒法處理。如果量少時可把它裝入鐵制或瓷制容器，選擇室外安全的地方燒掉。對難以燃燒的物質，可把它與可燃性物質混合燃燒。但在處理時要特別注意，勿使燃燒不*的毒性物質或燃燒產生的逸出而造成二次污染，燃燒*與否，由燃燒溫度、燃燒區域的停留時間以及混合狀況而定。

自動控制系統配置有一個無線遠程通訊模塊，可以通過軟件實現PLC和觸摸屏程序的遠程上下載，減少技術人員出差所花費的時間和出差費用，降低成本，提高人員工作效率;設備發生故障時，遠程通訊模塊能盡快發送短信通知業主，提高業主響應速度，降低設備故障損失;可以通過多種通訊協議實現與遠程第三方管理系統的通訊連接，實現對生產現場的遠程手機APP和上位機組態軟件的監控和操作功能。第三方系統能隨時隨地掌握現場工藝運行狀態及設備運行情況，對一體化設備進行遠程操作，發送命令給遠程控制終端，對現場自控系統接入的運行設備進行啟、停管理和運行狀態的設定管理。

自動控制系統配置有一臺環保數采儀，通過交換機，實現與環保集團遠程監控平臺的通訊連接，實時的將生產現場的設備數據傳輸到集團遠程監控平臺。